پس از برگزارى همه پرسى در بهمن ۱۳۴۱ و در شرایطى که همه رسانه هاى داخلى و خارجى یک صدا شاه و انقلاب سفید او را مى ستودند، امام براى ادامه مبارزه، مقامات روحانى قم را به نشست هاى منظم هفتگى، جهت تصمیمگیرى هاى مشترک در برابر سیاست هاى ضد اسلامى، رژیم، تشویق کرد و در همین راستا جلسات متعددى برگزار شد. گزارش ها و اسناد ساواک نشان مى دهد که درس هاى امام خمینى که با مسائل سیاسى روز آمیخته بود، با استقبال روزافزونى رو به رو بود.
علماى قم در اسفندماه ۱۳۴۱، عید نوروز ۱۳۴۲ را به دلیل مصائب وارده بر اسلام، عزاى عمومى اعلام کردند. این اقدام با استقبال وسیع مقامات روحانى مواجه شد و به وسیله شبکه خبررسانى سنتى روحانیت، حالتى فراگیر یافت و اعلامیه هایى نیز به همین منظور انتشار یافت؛ تا توده هاى مسلمان با تهدیدهاى حکومت، آشنا شوند.
به دنبال تحریم نوروز، در برخى از مساجد، حسینیه ها، منازل علما و در رأس آن منزل امام، در عید نوروز، مجالس عزا برپا شد و مردم مسلمان نیز به اقدامى مشابه دست زدند. گستردگى این حرکت و زیرسؤال بردن برنامه هاى شاه، خشم حکومت را برانگیخت و دولت به این نتیجه رسید که باید با اقدامى قهرآمیز، ضرب شست محکمى به نیروهاى مذهبى نشان دهد.
از این رو، مدرسه فیضیه به عنوان محل تدریس امام و سمبل مقاومت نیروهاى مذهبى، در روز دوم فروردین، تحت کنترل نیروهاى امنیتى درآمد و در همان روز فاجعه حمله به این مدرسه ومدرسه طالبیه تبریز، اتفاق افتاد.
رخدادهاى نخستین سال نهضت نشان داده بود که محرم ۱۳۸۳ قمری آبستن حوادث بزرگى است. دولت در اقدامى پیشگیرانه در اواخر اردیبهشت ۱۳۴۲ هشدار داد که اگر انقلاب بزرگ ما با ریختن خون یک عده بى گناه همراه باشد، از آن گریزى نیست. اندکى بعد و در آستانه محرم، ساواک وعّاظ اهل منبر و روحانیت را از سخن گفتن درباره سه موضوع، شخص اول مملکت، اسرائیل و تأکید به این نکته که اسلام در خطر است، سخت برحذر داشت.
به هر حال، محرم از راه رسید و دسته هاى عزادارى به راه افتادند. برخى از این مراسم و عزادارى ها در شهرهاى قم و تهران به راهپیمایى برضد رژیم تبدیل شدند و این امر به تدریج در شهرهاى دیگر تکرار شد. در تهران، اجتماع اعتراض آمیز بزرگى در مقابل کاخ مرمر تشکیل شد. این تحرکات به صورت پراکنده تا روز عاشورا ادامه یافت و در این روز بر اساس پیش بینى هاى قبلى، امام تصمیم به ایراد سخنرانى گرفت. تلاش هاى دولت براى منصرف نمودن وى به نتیجه نرسید و او عصر عاشورا برابر با ۱۳ خرداد ۱۳۴۲ در حالى که هزاران تن با فریاد «خمینى! خمینى! تو فرزند حسینى»، او را مشایعت مى کردند، به سوى مدرسه فیضیه حرکت کرد و اندکى بعد برفراز منبر رفت و نطق حماسى خود را ایراد کرد.
امام با بهره گیرى به موقع از مناسبت عاشوراى حسینى، در سخنان خود حکومت پهلوى را با دودمان بنى امیه و یزید مقایسه کرد و مشابهتهاى آنان برشمرد و در فرازى دیگر با اشاره و به سلوک عارفانه و زندگى مردمى علماى اسلام و مجاهدتهاى آنها در سراسر تاریخ، به اهانتها و اتهامات شاه به روحانیون، قاطعانه پاسخ گفت و به او نصیحت کرد که به اسلام و روحانیت احترام بگذارد و از سرنوشت پدرش عبرت بگیرد. امام، شاه را از همسویى با اسراییل و عوامل صهیونیسم و بهائیت در ایران برحذر داشت و تهدید کرد که در صورت ادامه مخالفتهاى رژیم با اسلام، ملت، او را از مملکت بیرون خواهند انداخت.
روند فعالیتهاى سیاسى ضدرژیم پس از سخنان امام، سرعت بیشترى گرفت و روز بعد در ۱۴ خرداد، راهپیمایى وسیعى در شهرهاى مختلف کشور برگزار شد و تحلیلگران سیاسى دریافتند که کشور، در آستانه یک بحران فراگیر قرار گرفته است و آیت الله خمینى در کانون این حرکت قرار دارد. رژیم شاه نیز مناسبترین راه غلبه بر ناآرامىهاى سیاسى- مذهبى را دستگیرى امام خمینى تشخیص داد و به همین دلیل در نیمه شب پانزده خرداد ۱۳۴۲، وى را بازداشت و در پادگان عشرت آباد تهران، زندانى کرد.
خبر دستگیرى امام و علماى دیگر در اندک زمانى در سراسر ایران پیچید و از آن جا که کشور در آستانه یک التهاب سیاسى قرار داشت، این اقدام رژیم با اعتراض وسیع طبقات مختلف ملت مواجه شد. مردم قم پیش از طلوع آفتاب روز پانزده خرداد در منزل امام اجتماع کرده، به همراه حاج آقا مصطفى، به سوى صحن حضرت معصومه حرکت کردند و به تدریج جمع کثیرى به آنها پیوستند و با شعار یا مرگ یا خمینى، به راهپیمایى پرداختند. اعلامیه هاى مراجع مهم قم در جمع تظاهرکنندگان قرائت شد. مأموران انتظامى که از روز پیش خیابان ها و معابر اصلى شهر را در اشغال خود داشتند، به راهپیمایان اخطار کردند که محل را ترک کنند؛ اما تلاشهاى آنان براى پراکنده کردن تظاهرکنندگان به ناکامى گرایید. درگیرى قهرآمیز، آغاز شد و جمع انبوهى مجروح و شهید شدند. این قیام، تا عصر ادامه یافت.
مقارن ساعت ده صبح تهران نیز به حالت شهرى آشوب زده درآمد. بازار و اغلب مغازهها تعطیل شدند و دانشجویان دانشگاه تهران با ترک کلاسهاى خود به خیابان ریخته، همگام با همه مردم، برضد رژیم شعار دادند. در همین هنگام هزاران تن از کشاورزان ورامین، کن، جماران و دیگر روستاهاى اطراف تهران که اغلب کفن برتن داشتند، در اعتراض به دستگیرى امام به سوى تهران سرازیر شدند و بر دامنه تظاهرات افزودند. تظاهرکنندگان در برخى از قسمتهاى شهر، نام شاه را از میدان ها و مساجد برداشته، به جاى آن نام خمینى را نوشتند. شعارهاى مختلفى، مانند مرگ بر شاه، سر داده شد. رفته رفته خیابانهاى منتهى به کاخ شاه، مملو از سرباز و زره پوش شد و تحت تدابیر ویژه امنیتى قرار گرفت. حیرت و ناباورى از یک سو و وحشت و نگرانى از سوى دیگر، کارگزاران حکومت، به ویژه شاه را فرا گرفت و به همین دلیل، دستور سرکوب صادر و حکومت نظامى اعلام شد.
به دنبال این دستور، کشتار و قتل عام تظاهر کنندگان آغاز شد. علاوه بر تهران و قم در شهرهاى شیراز، مشهد، تبریز و … نیز قیام مردم سرکوب شد. ماجراى قتل کفن پوشان ورامین، یکى از تکان دهندهترین رخدادهاى آن روز بود وبه برکت خون آن غیور مردان و زنان، انقلاب به بار نشست و سرانجام، در ۲۲ بهمن ۱۳۵۷ به پیروزى کامل رسید.